W 2022 roku WHO opublikowało zalecenia dotyczące diagnostyki mikrobiologicznej TB u dzieci  zalecając nowy materiał do diagnozowania gruźlicy — kał. W celu stwierdzenia obecności prątków gruźlicy w próbce kału zaleca się w chwili obecnej wyłącznie stosowanie testów genetycznych w systemie GeneXpert, a mianowicie testów Xpert MTB/RIF i Xpert MTB/RIF Ultra.

WHO zaleca kał jako nowy rodzaj materiału od dzieci , obok plwociny ,aspiratu nosowo-gardłowego lub popłuczyn żołądkowych, jako wstępne badanie diagnostyczne w kierunku gruźlicy zwłaszcza u dzieci <10 roku życia. Dodatkowo, test ten umożliwia identyfikację oporności na rifampicynę co jest istotne w procesie leczenia gruźlicy. Należy jednak podkreślić, że niezależnie od rezultatu testu molekularnego, czy to jest wynik pozytywny czy negatywny, konieczne jest przeprowadzenie dodatkowych badań mikrobiologicznych w celu ostatecznego potwierdzenia diagnozy

Ponieważ próbki kału od dzieci zwykle zawierają niewielką ilość prątków gruźlicy (materiał skąpoprątkowy), zaleca się pobranie co najmniej dwóch różnych próbek tego materiału. Takie podejście znacząco poprawi dokładność procesu diagnostycznego.

Przygotowanie próbki kału do badania genetycznego:

1. Metoda optymalnej flotacji sacharozy (OSF)

Przed przystąpieniem do wykonania badania należy przygotować roztwór Sheathera.

• Roztwór Sheathera: rozpuścić 454g cukru granulowanego w 355ml wody destylowanej podgrzewając prawie do temperatury wrzenia. Roztwór autoklawować przez 15 minut w temperaturze 110⁰ Po wystudzeniu, roztwór podzielić na mniejsze 10 ml porcje z zachowaniem septycznych warunków. Czynność należy wykonać w komorze laminarnej BSC. Tak przygotowany roztwór można przechowywać w temperaturze 4 ⁰C przez okres 1 miesiąca.
• Do jałowego pojemnika przenieść ok. 0,5 grama (± 0,1) kału za pomocą plastikowej łyżeczki (w przypadku kału stałego lub kleistego ) lub pipety Pasteura (w przypadku kału płynnego).
• Dodać 10 ml roztworu Sheathera w następujący sposób: do pojemnika z kałem dać 5 ml buforu Sheathera i energicznie wymieszać używając drewnianego patyczka lub plastikowej ezy, dodać pozostałe 5 ml buforu i ponownie wymieszać. Całość zworteksować przez 30 sekund. Jeśli nadal widoczne są grudki czynność należy powtórzyć przez kolejne 30 sekund.
• Filtracja: Umieścić kilka warstw sterylnej gazy bezpośrednio nad czystą jałową 15 ml probówką a następnie ostrożnie przelać do niej wcześniej przygotowany kał.
• Przefiltrowany kał zwirować przy 100 x g przez 1 minutę. Ostrożnie wyjąć probówkę z wirówki, nie naruszając zawiesiny.
• Do nowego jałowego falkonu dodać 1,8ml buforu SR (bufor dołączony jest do zestawu Xpert MTB/RIF i Xpert MTB/RIF Ultra).
• Z górnej części odwirowanego roztworu kału ostrożnie pobrać 0,5 ml supernatantu i dodać go do buforu SR. Uwaga: należy unikać pobrania cząstek stałych. W przypadku naruszenia osadu kału, roztwór należy ponownie odwirować.)
• Roztwór kału z buforem SR należy energicznie wstrząsnąć 20 razy lub zworteksować.
• Inkubować przez 15 minut w temperaturze pokojowej w celu upłynnienia. Pomiędzy 5 a 10 minutą inkubacji ponownie energicznie wstrząsnąć próbką 20 razy. Uwaga: Jeżeli po zakończonej inkubacji próbka nie została upłynniona i nadal widoczne są cząstki stałe, należy probówkę ponownie wstrząsnąć i przedłużyć inkubację na kolejne 10 minut.

2. Metoda opracowania kału SOS:

• Porcję 0,8- 1,0 g uformowanego kału lub 2ml kału płynnego dodać bezpośrednio do butelki z buforem SR dołączonym do zestawu Xpert MTB/RIF i Xpert MTB/RIF Ultra.
• Mieszaninę energicznie wstrząsnąć przez 30 sekund a następnie inkubować przez 10 minut w temperaturze pokojowej. Etap wykonać dwukrotnie.

Wykonanie badania genetycznego:

Po przygotowaniu materiału jedną z w/w metod pobrać 2 ml supernatantu i zaaplikować go do kartridża Xpert MTB/RIF lub Xpert MTB/RIF. Czynność tę należy wykonać ostrożnie bez naruszania osadu.

Uwaga: Krajowe Referencyjne Laboratorium Prątka do przygotowania kału do badania genetycznego rekomenduje metodę optymalnej flotacji sacharozy (OSF).